小智一行人在经过漫长的旅途之后，来到了一座看起来有点破败的城市——黑云市。
小霞看着这座城市有些不解地问：“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的？”小刚解释道：“这里好像叫做黑云市耶。听说这里因为以前到处是工厂，所以很繁华哦，但也因为这个原因，所以这里的环境被污染了，又没落起来。”
看着四周破落的城市，小智也是一阵的心疼，这就是破坏环境的下场吧。不过这需要大家一起行动来改变现状。小智现在也是爱莫能助。一行人朝宝可梦中心走去。
一路忍受着污染的空气走到宝可梦中心后，小智立刻问道：“有人在吗？有没有人在啊？”毕竟还是要恢复宝可梦的。
这时，打着哈欠的乔伊小姐出来了：“啊～真受不了。”不过，乔伊小姐一脸没精打采的样子：“你们不知道现在几点了吗？普通的孩子这个时候都已经睡觉了。”小智也知道现在挺晚的，有点不好意思地说：“对不起啊。乔伊小姐，我的宝可梦就拜托你了。”想要恢复宝可梦的体力，就只好将其拜托给乔伊小姐了。
“啊？好的！”乔伊小姐继续打着哈欠，将小智的宝可梦随意地收下，根本没有把照顾宝可梦当做重要的事情。
这时，小智和小霞发现小刚面对这位乔伊小姐竟然没有犯花痴，真的很奇怪。突然灯熄灭了，小霞问：“怎么回事？”小刚说道：“好像是停电了。”
小智一行跟着乔伊小姐来到里屋后，乔伊小姐看着许多的宝可梦担心地说道：“这些是治疗中的宝可梦，电力如果不快点恢复的话，这些宝可梦们就很危险了。”小智对于宝可梦中心没有配备发电机很不解，不解归不解，小智知道现在情况紧急，立刻问道：“这里的发电厂在什么地方？”
“发电厂？”小霞听到小智的问话，有点不解。小刚给小霞作出了解释：“小霞，外面一片漆黑，整片都没有电，所以问题出在发电厂上。”
乔伊小姐通过窗户指着一座有高大烟囱的工厂对小智一行人说：“就是那个有大烟囱的工厂。”
“好！我们走！”小智又从乔伊小姐的手中接过自己的宝可梦，一行人就向发电厂走去。
经过一路奔跑，小智一行人终于到了发电厂。“这里应该就是发电厂了，有人在吗？没有人的话我们就直接进去了。”进入发电厂，看着黑漆漆空荡荡的屋子，见没人回应，小智一行人就继续往里面走。
小霞看完墙上的地图后指着前方的房间说道：“那里就是中央控制室了，过去看看。”走在前往中央控制室的走廊上，这时，小刚突然对小智和小霞说：“好像有什么在跟着我们。”小霞在四周看了看，之后，没发现有什么东西，对小刚说：“没有东西啊！会不会是你太敏感了？”“可是我总感觉真的有什么在跟着我们啊！”小刚依旧坚持自己的感觉。
这时，一只小磁怪出现了。“是小磁怪啊。”在看清楚使小刚疑神疑鬼的宝可梦之后，小霞感到奇怪：“可是它为什么会在这里呢？”小霞继续说道：“会不会就是它导致发电厂停电的呢？”
小刚看到小智没有要收服的倾向，而且又不是水系的宝可梦，说道：“既然这样，那就只好先收服它了，然后再调查了。”
随后小刚派出六尾：“去吧，六尾，使用喷射火焰。”火系对钢系效果绝佳，所以小刚让六尾使用了喷射火焰，而小磁怪还没反应过来就被击中了，“去吧，精灵球。”小刚随后扔出了精灵球，小磁怪被小刚收服了。
小智看到小磁怪被小刚收服了后也很高兴，不过一想到在宝可梦中心里还有许多宝可梦们在等电，就立刻说：“好了，赶紧走吧，宝可梦中心的宝可梦们还在等着我们呢。”
就在这时，小霞突然捂着鼻子对小智和小刚说道：“你们有没有闻到臭味啊？”小智和小刚点了点头说道：“好像有嘞！”然后就听到后面“砰”的一声，天花板上的通风栏杆掉下来了，出来了好多宝可梦。
看着眼前的这些宝可梦，小霞顿时感觉整个人都不好了：“臭死了，为什么这里会有这么多臭泥啊？”小智看到一大堆臭泥出现，也就明白了停电的原因了。
随着越来越多的臭泥出现，一只比臭泥更大更臭的宝可梦臭臭泥出现了。小霞见状直接崩溃了，臭臭泥也开始指挥着臭泥们攻击小智一行人，小智一行人就只好跑路了，跑着跑着就碰到了这里的工作人员，在工作人员的带领下，一行人跑到控制室，把门关上了，可臭臭泥一直在外面指挥臭泥们不停地撞门，最终门还是被臭泥们撞开了。
“怎么办？”小霞看到这种情况有些慌乱，小智本来是想派出自己身上所有的宝可梦来战斗的，可是就在这时突然出现了很多小磁怪和三合一磁怪，小刚看到后立马说道：“是小磁怪和三合一磁怪。”然后小磁怪和三合一磁怪一起用十万伏特将臭泥们都赶走了。
就在大家欢呼的时候，小霞指着一边说道：“等一等，还有一只留下来了。”原来那只臭泥们的老大臭臭泥没有走。“好，凯西，就决定是你了。”小智派出凯西来迎战：“使用念力。”超能力系对毒系效果绝佳，所以小智让凯西使用念力来攻击，而臭臭泥中了这招后非常痛苦。
“继续，加强输出。”终于在臭臭泥疲倦不堪的时候，“去吧，精灵球。”小智扔出精灵球收服了臭臭泥，随后将它传回了大木博士的研究所。
就在小智一行人认为事情已经结束了，走出了发电厂后，一艘暴鲤龙潜水艇出现挡住了众人的去路。小刚问道：“什么东西呀？”
“……（火箭队经典登场台词）”
小智实在没有精力再陪火箭队玩了，直接对皮卡丘说：“皮卡丘，使用十万伏特吧。”在“pikaqiu”的一声中，黄色的电流打中了暴鲤龙潜水艇，之后，暴鲤龙潜水艇发生了爆炸，火箭队又在“好讨厌的感觉啊！”飞向天空。
天亮后，小智一行人回到宝可梦中心。小智对赶来了解情况的乔伊小姐和君莎小姐说道：“臭泥的大量出现就是环境严重被污染造成的，以后的环境就靠你们了。”
“真是惭愧，我以后一定和大家一起把环境尽快恢复美丽的。”君莎小姐做出保证。“谢谢你们，托你们的福，宝可梦们才能恢复健康的，我以后也会好好照顾宝可梦的。”乔伊小姐也说道。
随后小智一行人告别了乔伊小姐和君莎小姐就继续着他们的旅行。