这天，小智一行人来到了一个名为黑暗市的城市。小刚看着四周十分不解地说道：“这座城不太对劲，大白天的，一个人都没有。”
小智的波导散开，突然，对皮卡丘下令道：“皮卡丘，十万伏特。”只见皮卡丘对屋顶释放电流，打中了几块石头，被电流击中的石头落在地上。小霞问道：“什么人？出来！”只见几个小孩子从屋顶爬下来，一脸敌意地看着小智一行人，其中一个孩子问道：“你们是宝可梦训练家吗？”
小智如实回答：“是的，我叫小智。”小刚则说：“我叫小刚，是宝可梦饲育家。”小霞也介绍了一下：“我是小霞。”
不过，小刚立马就被其中一个拿着棍子的小孩打了一下，小智拉着小霞立刻退后一步，两人避开了被棍子打中，其中一个孩子生气地说道：“不管是训练家，还是饲育家，前面只要加了宝可梦三个字我们就讨厌！”
小智本来还想说些什么的，一位大叔出现了，道歉地说：“请等一下，对不起，这些孩子对你们造成了困扰，请你们来我家，好吗？我来跟你们说一下原因。”
随后，小智一行人就和大叔来到他家，大叔也解释了这里如今为什么会这样的原因。为了成为联盟正式承认的道馆，这里的亚斯道馆和卡兹道馆雇佣正在旅行的宝可梦训练家当打手，一有事情就不分场合地进行宝可梦决斗。
就在这时，外面突然传来一阵骚动。大叔马上说道：“这是亚斯道馆和卡兹道馆在做斗争了。快点进里屋，被卷入的话就麻烦了。”
听着外面的骚动，小刚问道：“他们经常这样子？”大叔肯定地回答道：“是的！”小霞也气乎乎地说道：“这哪是宝可梦决斗啊？是不是对宝可梦决斗有什么误解啊？这明明是打群架嘛！”
这时，小智也说道：“我们必须阻止他们。”说完，就向外面跑去。
小智跑到外面后，就听到了熟悉的台词。“……（火箭队经典登场台词）”没错，又是这三人组，不过这次他们是被卡兹道馆聘用了。小智见了火箭队就过去打了个招呼：“火箭队，是你们啊。”
武藏看到小智随后就说道：“小鬼头，原来你们也来了，这样正好，可以一网打尽。”然后武藏就派出了阿柏怪：“去吧，阿柏怪。”小次郎也派出了双弹瓦斯：“双弹瓦斯，你也上。”小智看到火箭队派出宝可梦了，也立刻派出水伊布：“水伊布，决定是你了。”
小次郎立刻发动攻击：“双弹瓦斯，污泥攻击。”小智看到双弹瓦斯的污泥攻击，知道若是命中的话，是有一定的几率中毒的，对水伊布下令道：“水伊布，溶化。”水伊布变得如水一般，化成一滩，躲过了污泥攻击。
随后就到小智攻击了，只见小智下令道：“水伊布，水枪。”一道水流狠狠地打中了双弹瓦斯，把双弹瓦斯打了回去。武藏看到双弹瓦斯被打回来了，就让阿柏怪攻击：“阿柏怪，毒针攻击。”阿柏怪嘴里吐出紫色的毒针，朝这边攻过来。不过，小智这边立刻下令：“水伊布，用电光一闪。”只见水伊布突然加速，避开了毒针，并且将阿柏怪撞了回去。
最后，小智让水伊布和皮卡丘联合攻击火箭队“水伊布，极光束；皮卡丘，十万伏特。”黄色的电流和蓝白色的泛着寒气的射线交融在一起攻向火箭队。
两个招式的碰撞，产生了爆炸，于是，在一声“好讨厌的感觉啊！”中，火箭队又飞走了。
在火箭队飞走后，小智见这么乱的场面，对小霞和小刚建议道：“我们去阻止他们吧？”大叔一听，立刻担心地劝阻道：“不行啊！太危险了！”小智回应道：“没事，就当是修行好了。”说完，小智就率先跑了出去，小霞和小刚也随后跟了上来。
小智一行人刚出来就看到电击兽把攻向它的亚斯道馆的炮灰宝可梦全都打倒了，飞天螳螂也将卡兹道馆的路人宝可梦打败了。
“皮卡丘，就决定是你了。”小智派皮卡丘。
“宝石海星，你去吧。”小霞派出了宝石海星。
“六尾，去吧。”小刚的是火六尾。
亚斯道馆馆主和卡兹道馆馆主看到小智一行人派出宝可梦后问道：“你们是什么人？”
小智皮了一下：“既然你诚心诚意地问了，那我就大发慈悲地告诉你：我们是来阻止你们的人！”然后小智就派皮卡丘去阻止。
“皮卡丘，十万伏特。”
“宝石海星，水枪。”
“六尾，火焰漩涡。”
大家一起释放绝招，水枪和十万伏特向飞天螳螂攻去，火焰漩涡打向了电击兽。飞天螳螂和电击兽还没明白发生什么事就双双失去战斗能力。两个馆主见状也不管自己的宝可梦了，纷纷拿起棍棒，看来是想打架。小智见状也在暗中用波导之力凝聚波导弹。
这时出现了一个穿着风衣，带着帽子和口罩的人开口了：“等一等。”两个馆主则说：“你是什么人？”那人拿出了一个精灵球说道：“我就是宝可梦联盟派过来的正义检查官，去吧！精灵球。”看到精灵球里出来的吉利蛋，小智明白了这是乔伊小姐。
摘掉伪装后，露出真面目的乔伊小姐对那两个所谓的道馆馆主说道：“没错！我的真实身份是乔伊，只会利用宝可梦们来打架的人所开的道馆是绝对不会得到宝可梦联盟的正式认可的。”两个馆主一听这话，立刻沮丧地说：“啊？怎么会？可以网开一面吗？”乔伊小姐则说：“你们如果能吸取教训，不再这样，就可以重新来过。”两个馆主异口同声地说道：“我们会的。”
就这样，事情结束了，小智一行人也在乔伊小姐的带领下去了宝可梦中心休息了一晚，第二天，在小智交换完宝可梦后，小智一行人继续旅行着。